Od 2008 roku WFAiS posiada zakupioną niegraniczoną licencję na użytkowanie programu Mathematica dla wszystkich studentów, doktorantów i pracowników. Obejmuje ona instalację domową (Windows, Linux, Mac) bez żadnych dodatkowych opłat. Prywatny klucz obowiązuje 1 rok, i może być przedłużany tak długo jak ważna jest licencja UJ/WFAiS.

Studenci uczęszczający na zajęcia, jak również wszyscy inni zainteresowani powinni zainstalować i korzystać z programu Mathematica zgodnie z nową umową licencyjną.